W 1691 nowy metropolita kijowski Warłaam uczynił archimandrytę Serapiona swoim namiestnikiem w całym Wielkim Księstwie Litewskim, potwierdził także jego status biskupa-nominata mścisławskiego.
Biskup białoruski Serapion (Polchowski) otrzymał przywilej królewski na katedrę białoruską dopiero w 1697, od Augusta II Sasa pod wyraźną presją dyplomacji rosyjskiej; władze polskie dążyły bowiem do likwidacji eparchii mścisławskiej lub powierzenia jej biskupowi unickiemu. Sami mieszkańcy Mohylewa prosili posła rosyjskiego w Warszawie Aleksieja Nikitina o interwencję w tej sprawie. Zarówno hierarchia Kościoła unickiego, jak i senat negatywnie przyjęli nominację dla prawosławnego biskupa. Król stwierdził jednak, że nie naruszy warunków pokoju z Moskwą i nie przekaże unitom ostatniej eparchii prawosławnej w Rzeczypospolitej. 21 października 1697, jeszcze przed uzyskaniem na przywileju pieczęci kanclerza wielkiego litewskiego, biskup-elekt Serapion uroczyście wjechał do Słucka. Jego chirotonia biskupia odbyła się natomiast w ławrze Pieczerskiej 14 września 1698 z udziałem konsekratorów: metropolity kijowskiego Warłaama i arcybiskupa rostowskiego Dymitra. Pobyt hierarchy w Kijowie nie trwał długo;