Podczas przerwy zimowej sezonu 2012/13 klub opuścił jego prezes i nowym sponsorem została grupa kompanii „GazUkraina”Ярославский: Я слагаю с себя полномочия президента „Металлиста” – UA-Футбол.. 7 lutego 2013 roku na Walnym Zgromadzeniu Akcjonariuszy klubu Metalist obrano nowego Prezesa klubu – Pana Serhija KurczenkaСергей Курченко официально стал президентом ФК „Металлист” – UA-Футбол.. Sezon 2012/13 był najlepszy w historii. Klub zdobył wicemistrzostwo Ukrainy, rozdzielając tym samym w tabeli dwa największe kluby tego kraju Szachtar Donieck i Dynamo Kijów co dało im prawo udziału w eliminacjach do Ligi Mistrzów UEFA. Jednak okazało się, że klub został zamieszany w aferę korupcyjną. Chodziło o mecz przeciwko zespołowi Karpaty Lwów w kwietniu 2008 roku. W związku z tym UEFA 14 sierpnia 2013 podjęła decyzję o wykluczeniu Metalistu Charków z eliminacji Ligi Mistrzów. W związku z powyższym klub odwołał się od decyzji do Sportowego Sądu Arbitrażowego przy Międzynarodowym Komitecie Olimpijskim, jednak odwołanie zostało odrzucone 16 sierpnia 2013. Dodatkowo klub został pozbawiony 3. miejsca w mistrzostwach Ukrainy w sezonie 2007/2008.