Od początku rozrywek w niezależnej Ukrainie klub występował w Pierwszej Liże. W 1996 ponownie przyjął nazwę Werchowyna Użhorod, ale w 1998 przywrócił poprzednią nazwę Zakarpattia Użhorod. Dopiero w sezonie 2001/02 klub debiutował w Wyższej Lidze, ale nie potrafił utrzymać się w niej i spadł z powrotem do Pierwszej Lihi. Przy kolejnej próbie klub zatrzymał się w Wyższej Lidze na dwa sezony (2004/05-2005/06). Potem klub co sezon zmieniał ligi (grał w Premier-lidze w sezonach 2007/08, 2009/10, 2012/13)
15 lipca 2011 zmienił nazwę na Howerła-Zakarpattia Użhorod. Przed rozpoczęciem sezonu 2012/13 klub przywrócił historyczną nazwę Howerla UżhorodУжгородська команда у прем'єр-лізі називатиметься «Говерлою» | Новости | Закарпатье..
Po zakończeniu sezonu 2015/16 przez stan finansowy nie otrzymał licencji na grę w Premier-lidze i 12 lipca 2016 klub ogłosił o rezygnacji występów na poziomie zawodowymГоверла припиняє виступи на професійному рівні – UA-Футбол., po czym został rozwiązany.
Sukcesy Trofea krajowe Ukraina
ZSRR
Inne trofea Mistrzostwo Słowacji: mistrz (2x): 1933, 1936
Mistrzostwo Ukraińskiej SRR: mistrz (3x): 1946, 1950, 1953
Puchar Ukraińskiej SRR: zdobywca (1x): 1950