29 lipca 1571 flota duńska zaatakowała niespodziewanie polską flotę kaperską stacjonującą w Pucku i uprowadziła jej okręty do Kopenhagi. Spowodowało to potrzebę tworzenia polskiej regularnej marynarki wojennej. W 1572 zakończono budowę galeonu Smok, w następnych latach wybudowano dalsze jednostki, jednak rozbudowę floty przerwano. Polską flotę wojenną wskrzesił na krótko Stefan Batory w czasie wojny Rzeczypospolitej z Gdańskiem, powierzając jej zadanie blokady tego portu.
Od 1601 zaczęto budować pierwsze zawodowe siły morskie – królewską flotę wojenną, która prowadziła działania przeciwko Rosjanom i Szwedom. W 1626 powstała Komisja Okrętów Królewskich, która organizowała eskadry floty polskiej. Największym i zarazem ostatnim zwycięstwem okrętów królewskich było pokonanie eskadry szwedzkiej w bitwie pod Oliwą.
Podczas III wojny północnej król August II Mocny powołał w 1700 roku flotę kaperską, która przez kilka miesięcy działała z Pucka i Helu przeciwko statkom szwedzkim.
Pierwszą polską uczelnią morską, kształcącą adeptów marynarki wojennej była założona w 1780 przez wojewodę wileńskiego Karola Stanisława Radziwiłła Szkoła Majtków w Nieświeżu.