Wszystkie istotne dla jej przyszłości decyzje podejmowane były w następstwie uzgodnień dokonywanych między Naczelnym Dowództwem WP a Naczelnym Dowództwem Armii Czerwonej. Wyrazem powiązania, a nawet całkowitego uzależnienia od Moskwy organizowanej w tych warunkach Marynarki Wojennej była pierwsza obsada jej najważniejszych stanowisk. Na czele Marynarki Wojennej stanęli między innymi: kontradmirał Nikołaj Abramow – dowódca Marynarki Wojennej, kmdr Iwan Szylingowski – szef Sztabu Głównego i kmdr Józef Urbanowicz – zastępca dowódcy Marynarki Wojennej do spraw polityczno-wychowawczych. Podobnie wszystkie kierownicze stanowiska, włącznie z prokuraturą, sądem i wszechwładnym VIII Oddziałem Informacji Wojskowej, pełnili oficerowie radzieccy. Ogółem na siedem istniejących w 1945 roku etatów admiralskich tylko dwa powierzono Polakom. Byli to kmdr Jerzy Kłossowski (szef Oddziału MW przy MON) i kmdr Adam Mohuczy (zastępca szefa Sztabu Głównego Marynarki Wojennej).