Manuel był ważną i wpływową postacią na dworze bizantyjskim. Według tureckiego kronikarza, Ibn Bibiego, około 1200 Manuel nosił już tytuł Caesara. Jego dalsza kariera była mocno związana z władcą seldżuckim, Kaj Chusrau I. Manuel poznał go gdy zdetronizowany sułtan przybył do Konstantynopola, około 1200 roku. W czasie swojego pobytu w stolicy Bizancjum Kaj Chusrau miał przyjąć chrzest i pojąć córkę Manuela za żonę. Z tego związku pochodzili późniejsi seldżuccy władcy, Kajkubad I i Kaj Chusrau II.

Kiedy w 1203 pod murami Konstantynopola stanęły wojska IV wyprawy krzyżowej Manuel wraz z zięciem zbiegli z miasta i schronili się w nieznanej współczesnym historykom twierdzy lub wyspie. Po upadku Konstantynopola w 1204 i śmierci Sulajmana II stronnicy Kaj Chusrau wezwali go z powrotem do Ikonium, a Manuel udał się tam wraz z nim. Po przybyciu do Nicei diweidzieli się, że sułtanem zdążył się już ogłosić Kilidż Arslan III, ale mimo to Kaj Chusrau udał się na ziemie tureckie i dzięki sprzyjającym okolicznościom od 1205 ponownie panował jako sułtan Ikonium Encyclopedia of the Hellenic World, Asia Minor.