Rizala aresztowano, po czym przewieziono do twierdzy Fuerza de Santiago. Dnia 30 grudnia 1896 r. działacz został stracony w Bagumbayan w Manili. Pomimo że lekarz nie popierał początkowo konfrontacji zbrojnej z Hiszpanami, z powodu swoich przekonań i bohaterskiej śmierci stał się szybko jednym z bohaterów rewolucji. Jego egzekucja wzburzyła tysiące Filipińczyków, którzy zdecydowani byli kontynuować walkę.
Konflikt w Cavite thumb|Egzekucja Rizala W połowie 1896 r. doszło do walk w prowincji Cavite. Jedna z grup rewolucyjnych dowodzona przez młodego generała Emilio Aguinaldo odniosła kilka niewielkich zwycięstw nad Hiszpanami m.in. pod Imus dnia 1 września 1896 r. Wkrótce też doszło do konfliktu pomiędzy poszczególnymi frakcjami rewolucyjnymi (Andrésem Bonifacio, Aguinaldo i Mariano Álvarezem) na tle dalszej strategii i dowodzenia. W rezultacie Hiszpanie wykorzystując sytuację na prowincji ponownie przejęli nad nią władzę. Chcąc ponownie przywrócić jedność w szeregach rewolucjonistów, frakcje rozpoczęły negocjacje zakończone porozumieniem w dniu 27 marca 1897 r. w Tejeros. Andrés Bonifacio otrzymał obietnicę objęcia prezydentury, miał jednak wielu przeciwników politycznych, którzy zarzucali mu pochodzenie i brak wykształcenia. Po konflikcie z przeciwnikami politycznymi Bonifacio opuścił Tejeros.