Dalsze walki thumb|Flaga Republiki Biak-na-Bato Zawartego porozumienia nie poparło wielu dowódców oddziałów rewolucyjnych na prowincji. Jednym z nich był generał Francisco Makabulos. W konsekwencji doszło do wybuchu kolejnych walk w kraju. Rozpoczęły się ponownie aresztowania oraz torturowanie więźniów. Niewywiązanie się Hiszpanów z punktów porozumienia, wzbudziło w przebywających na wygnaniu przywódcach rewolucji, ponowną gotowość do walki o niepodległość kraju. Aquinaldo zorganizował skup broni i amunicji, planując opanowanie Manili.
Powrót Aguinaldo Po wybuchu wojny amerykańsko-hiszpańskiej w roku 1898 w dniu 25 kwietnia flota amerykańska popłynęła w rejon Manili. 1 maja doszło do bitwy morskiej w Zatoce Manilskiej, w wyniku której Amerykanie całkowicie zniszczyli flotę hiszpańską admirała Patricio Montojo. W międzyczasie doszło do spotkania Aguinaldo z konsulem USA w Hongkongu, który namawiał prezydenta do kontynuowania rewolucji i powrotu do kraju. Z pomocą Amerykanów Aguinaldo w dniu 19 maja 1898 r. pojawił się w Cavite. Powrót przywódcy rewolucji spotkał się z entuzjazmem rewolucjonistów, którzy opowiedzieli się po jego stronie. W czerwcu w rękach Filipińczyków znalazła się wyspa Luzon z wyjątkiem Manili i portu w Cavite. Rozpoczęto oblężenie Manili, odcinając Hiszpanów od dostaw żywności i wody.