Nakielską powróciła linia 3 w relacji wydłużonej aż do nowego Fordonu, natomiast wycofano z niej linie 8 na Kapuściska. Aż do 7 września 1991 ulicą kursował tramwaj nocny linii 3N z Bydgoszczy Wschód. Od tamtej pory komunikację nocną zapewniają autobusy (pierwotnie linii 34N z Wyścigowej, następnie z Dworca Głównego, a po likwidacji tej linii autobusy 35N (do 2016) i potem 36N z centrum miasta).
Ruch autobusowy W roku 1956 uruchomiono wzdłuż ulicy linię autobusową nr 6, którą w 1962 przemianowano na 56. Od tego czasu jest ona podstawową linią autobusową kursującą ulicą Nakielską. W różnych okresach uzupełniały ją pojazdy linii 56 bis, 101, 201 czy 34N. W czasie budowy wiaduktu linii kolejowej Bydgoszcz-Piła nad ul. Grunwaldzką ulicą Nakielską kursowały także linie 51, 58 i 60. Do 2016 komunikacja nocna obsługiwana była przez linię 35N kursującą w układzie okrężnym, natomiast obecnie obsługę zapewnia linia 36N z pętlą przy ul. Lisiej. Również od roku 2016 wzdłuż ulicy Nakielskiej funkcjonuje linia 62, powstała z wyodrębnienia z linii 56 kursów wariantowych Garbary - Lisia/Belma. Ponadto od 2020 wzdłuż ulicy kursują autobusy linii 90 Garbary - Łochowice.