Był inicjatorem zwołania konferencji w Charkowie (1903 r.), na której zażądano od Herzla porzucenia planu. Na początku 1905 roku Usyszkin zwołał podobną konferencję w Wilnie. W okresie tym opublikował program, który stał się fundamentem „syntetycznego syjonizmu”. Było to pięć punktów, które należało systematycznie rozwijać: (1) działania polityczne, (2) nabywanie gruntów, (3) alija, (4) tworzenie nowych kolonii rolniczych i (5) organizowanie pracy i edukacji dla osadników. Podejście to później zdominowało ruch syjonistyczny. W lipcu 1905 roku Usyszkin walnie wpłynął na Siódmy Kongres Syjonistyczny, który odrzucił plan ugandyjski, koncentrując działalność na żydowskim osadnictwie w Ziemi Izraela.
Po powrocie do Rosji został zaskoczony dużymi przemianami społecznymi, które zaistniały po rewolucji w 1905 roku. Przeciwstawił się fali asymilacji narodowej i kulturowej, które powodowały utratę żydowskiej tożsamości narodowej. Starał się wspierać ruch syjonistyczny, a w szczególności język hebrajski. W 1906 roku został wybrany przewodniczącym Komitetu Odessy. Wspierał założenie osiedli Be’er Ja’akow (powstało w 1907 r.) i Ein Ganim (powstało w 1908 roku i potem upadło). Podczas rewolucji młodoturków w 1908 roku, udał się do Konstantynopola, promując sprawę syjonizmu przed tureckimi władzami.