Jego gabinet został zaprzysiężony 14 listopada 2012.
W kwietniu 2013 rząd Zajdana zapowiedział przeprowadzenie wysiłków na rzecz usunięcia bojowników z ich bastionów na terenie stolicy Libii. Premier zapowiedział również, że być może zwróci się o pomoc zagraniczną w walce i rozbrajaniu zbrojnych grup, gdyż oprócz napływu radykalnych islamskich bojowników, był to najpoważniejszy problem w kraju po zakończeniu wojny domowej.
W nocy z 9 na 10 października 2013 został uprowadzony z hotelu w Trypolisie przez Komórkę Operacyjną Rewolucjonistów Libii, złożoną z byłych rebeliantów, jednak po kilku godzinach został zwolniony. Przyczyną tymczasowego aresztowania premiera z powodu stanowiska libijskich władz wobec akcji amerykańskich komandosów z 5 października 2013, podczas której pojmano Abu Anasa al-Libiego, lidera struktur powiązanych z Al-Kaidą w Libii. Zajdan oświadczył, że operacja nie wpłynie na stosunki bilateralne między krajami, mimo iż nie była konsultowana przez Waszyngton.