Na mocy Decyzji Nr 256/MON Ministra Obrony Narodowej z 24 sierpnia 2012 r. w sprawie połączenia jednostek budżetowychDecyzja Nr 256/MON Ministra Obrony Narodowej z 24 sierpnia 2012 r. w sprawie połączenia jednostek budżetowych (Dziennik Urzędowy Ministra Obrony Narodowej z 2012 r., poz. 320). dnia 1 stycznia 2013 Oddział Zabezpieczenia Garnizonu Stołecznego przyjął na zaopatrzenie logistyczno – finansowe następujące jednostki wojskowe:
Brygada Ochrony im. gen. dyw. Bolesława Wieniawy-Długoszowskiego w Warszawie 10 Pułk Samochodowy w Warszawie Batalion Reprezentacyjny Wojska Polskiego w Warszawie Centralny Ośrodek Analizy Skażeń w Warszawie Zespół ds. Nowego Systemu Kierowania i Dowodzenia Siłami Zbrojnymi RP
Od dnia 1 stycznia 2013 w strukturach Oddziału Zabezpieczenia Garnizonu Stołecznego znajdują się 12 Rejonowe Warsztaty Techniczne, Wojskowa Administracja Koszar Nr 2, Wojskowa Administracja Koszar Nr 11 oraz Wojskowa Administracja Koszar Nr 20.