Pisma Pisma liturgiczne Marek Eugenik jest autorem licznych pism powstałych głównie we wcześniejszym okresie jego działalności. Do jego pism liturgicznych należą kanony o Matce Bożej, Szymonie Metafraście (wyd. w Konstantynopolu, 1884) i patriarsze Eutymiuszu. Pozostawił po sobie hymny o świętej Katarzynie Aleksandryjskiej, Konstantynie Wielkim i jego matce cesarzowej Helenie. Napisał także objaśnienie do liturgii (PG 160, 1163–1194).
Mowy Marek Eugenik jest też autorem mów z okazji świąt Demetriusza z Tesaloniki, świętego Efrema, mowy pogrzebowej na cześć opata Makarego Koronasa, wspomnienia o świętym Eliaszu, mowy na cześć świętego Jerzego, komentarza do 3 kanonów Jana z Damaszku oraz kilku retorycznych opisów (ekfraz).
Pisma dogmatyczne Marek Eugenik napisał 2 Księgi (Biblia) przeciw antypalamitom. Wykładowi palamizmu poświęcił 72 Rozdziały (Kephálaja). Napisał traktat o naturze aniołów zachowany pod imieniem Jerzego Scholara, skierowaną do mnicha Izydora rozprawę o godzinie śmierci, dzieło o zbawieniu przez krew Chrystusa, o wierze w opatrzność i o Trójjedynej Trójcy.