Budowę teleskopu rozpoczęto w kwietniu 1991. Wtedy również pojawiła się propozycja zmiany jego nazwy na Teleskop Subaru na cześć znanej w Japonii pod taką właśnie nazwą gromady Plejad.
Pierwsze światło teleskopu uzyskano 24 grudnia 1998 roku. Uroczyste rozpoczęcie pracy nastąpiło we wrześniu 1999 roku. Prace wykończeniowe trwały jeszcze kilka miesięcy i ostatecznie budowę zakończono w marcu 2000 roku.
Od grudnia 2000 roku teleskop jest dostępny dla międzynarodowej społeczności astronomów.
Wypadki podczas budowy Podczas budowy teleskopu doszło do dwóch wypadków, w których życie straciło 4 robotników. 13 października 1993 pracownik zginął przygnieciony przez wózek widłowy. 16 stycznia 1996 podczas spawania iskry spowodowały zapłon izolacji, a toksyczny dym spowodował śmierć 3 robotników i zatrucie 26 innych.
Awaria w 2011 2 lipca 2011 roku nastąpił wyciek płynu z jednej z części teleskopu. Obserwacje udało się wznowić 22 lipca, a do pełnej sprawności teleskop powrócił 26 sierpnia.