Jako że wnętrze Morotai nie miało istotnego znaczenia z wojskowego punktu widzenia, alianci zdecydowali się nie wkraczać w głąb wyspy, a ochraniać jedynie lądowiska. Plany budowy kolejnych lądowisk oraz innych instalacji wojskowych zostały opracowane już przed lądowaniem na Morotai. W związku z czym przed 15 września wybrano sugerowane lokalizacje dla budowy tych obiektów.
Preludium Siły przeciwników W momencie alianckiego lądowania, Morotai było bronione przez około 500 żołnierzy japońskich. Głównym oddziałem była 2. Tymczasowa Jednostka Podjazdowa, która przybywała stopniowo na wyspę pomiędzy 12 a 19 lipca, zastępując wycofane bataliony 32 Dywizji. 2. Tymczasowa Jednostka Podjazdowa składała się z czterech kompanii, które były obsadzone japońskimi oficerami i tajwańskimi żołnierzami. Na wyspie znajdowały się także małe oddziały piechoty, żandarmerii wojskowej oraz jednostki wsparcia. Dowódca sił japońskich na Morotai, major Takenobu Kawashima rozlokował jednostkę podjazdową w południowo-zachodnim sektorze wyspy oraz wykorzystał pozostałe siły do ustanowienia punktów zwiadowczych i obwodów wzdłuż linii brzegowej. Największa spośród forpoczt znajdowała się na północno-wschodnim krańcu wyspy, przylądku Sopi (ang.: Cape Sopi) i składała się z około 100 żołnierzy.