Został zamordowany między 13 a 14 kwietnia 1940 w Katyniu przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Ofiary tej zbrodni grzebano w bezimiennych mogiłach zbiorowych, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. Zidentyfikowany podczas ekshumacji nadzorowanych przez Niemców, w 1943 pod numerem 1709 – dosł. opisany jako Leukus-Kowalski Stefan (raport dzienny z 12 maja 1943). Przy jego szczątkach znaleziono: legitymację osobistą MSWojsk., świadectwo szczepień w Kozielsku oraz legitymację i krzyż Virtuti Militari. Figuruje na liście Komisji Technicznej PCK pod numerem 01709. W Archiwum Robla w pakiecie 0712-03, wymieniony (bez imienia) w niedatowanym „Wykazie oficerów w niewoli bolszewickiej, obóz Bołotno /!/ z. Czernihowski”, na jednej z kartek papieru znalezionych przy szczątkach Zygmunta Stasiewicza.