Kwasy porostowe: kwas fumarioprotocetrariowy. Gatunki podobne Jest wiele podobnych gatunków chrobotków wytwarzających podecja z kieliszkowatymi zakończeniami i brązowymi owocnikami. Oprócz chrobotka strzępiastego w Polsce są to m.in.: chrobotek kieliszkowaty (Cladonia chlorophaea). Ma większe kieliszki, jego podecja rozszerzają się od samego dołu, lub co najmniej od połowy wysokości. Czasami wytwarza piętrowe podecja, chrobotek kubkowy (Cladonia pyxidata). Ma większe, bardziej rozwarte kieliszki, chrobotek rozetkowy (Cladonia pocillum). Występuje na wapiennym podłożu, chrobotek krępy (Cladonia humilis). Ma krótkie podecja, mączyste urwistki i wytwarza atranorin. Rozróżnienie tych gatunków jest trudne, wymaga porównania morfologii owocników i szczegółów budowy podecjów. Czasami, szczególnie w przypadku okazów młodych lub bardzo starych jest to niemożliwe. Według niektórych lichenologów nie wszystkie te porosty są traktowane jako odrębne gatunki, lecz jako odmiany, chemotypy lub ekotypy. Index Fungorum uznaje je za odrębne gatunki, jednak pewne ustalenie ich taksonomii i odrębności wymaga badań.