Kariera reprezentacyjna W 1979 roku Hernández został powołany przez szkoleniowca José Moncebáeza do reprezentacji Meksyku U-20 na Młodzieżowe Mistrzostwa Świata w Japonii. Tam wystąpił we wszystkich trzech spotkaniach swojej drużyny, z czego w dwóch w wyjściowej jedenastce, natomiast jego kadra zanotowała dwa remisy i porażkę, ostatecznie odpadając z turnieju już w fazie grupowej.
W seniorskiej reprezentacji Meksyku Hernández zadebiutował za kadencji serbskiego selekcjonera Bory Milutinovicia, 15 marca 1983 w wygranym 1:0 meczu towarzyskim z Kostaryką. Pierwszą bramkę w kadrze narodowej strzelił 16 sierpnia 1984 w wygranym 3:0 sparingu z Finlandią. W 1986 roku znalazł się w ogłoszonym przez Milutinovicia składzie na Mistrzostwa Świata w Meksyku, gdzie nie rozegrał jednak ani jednego meczu, a jego drużyna, pełniąca rolę gospodarzy, zakończyła swój udział w światowym czempionacie na ćwierćfinale. Cztery lata później był bliski powołania na Mistrzostwa Świata we Włoszech, lecz ostatecznie meksykański zespół nie wziął w nich udziału, będąc zdyskwalifikowanym przez FIFA. Ogółem swój bilans reprezentacyjny Hernández zamknął na czterech golach w 28 spotkaniach.