Zatrzymanym cywilom zarzucono współpracę z partyzantami, po czym rozpoczęto systematyczną masakrę. Większość mieszkańców wsi rozstrzelano ogniem broni maszynowej nad trzema zbiorowymi mogiłami. Na pobliskich polach i zagajnikach miały także miejsce egzekucje pojedynczych osób lub niewielkich grup cywilów. Tego dnia w Lipniaku-Majoracie Niemcy mordowali bez względu na płeć i wiek każdego schwytanego Polaka. Ginęły nierzadko całe rodziny. Część rannych zakopano żywcem w zbiorowych mogiłach. Z zeznań świadków wynika, że miały także miejsce przypadki bestialskiego mordowania małych dzieci poprzez rozbijanie ich główek o pnie drzew.
Jeszcze tego samego dnia tereny gminy Długosiodło zostały opanowane przez Armię Czerwoną. Rozpoczęły się ekshumacje zamordowanych, których w następnych dniach pogrzebano na cmentarzach w Długosiodle, Broku, Sterdyni i Sokołowie Podlaskim. Wśród miejscowej ludności krążyły pogłoski, że sowieccy żołnierze wzięli do niewoli oficera Wehrmachtu kierującego masakrą w Lipniaku-Majoracie.