Między 1919 a 1921 zarządzał tymczasowo eparchią kijowską po wyjeździe za granicę metropolity kijowskiego Antoniego, do przyjazdu nowego egzarchy Ukrainy metropolity Michała. Jako administrator okazał się człowiekiem pozbawionym inicjatywy i nadmiernie ostrożnym МАЛОИЗВЕСТНЫЕ СТРАНИЦЫ ЦЕРКОВНОГО СЛУЖЕНИЯ ЭКЗАРХА УКРАИНЫ МИТРОПОЛИТА МИХАИЛА (ЕРМАКОВА) В 1922–1923 ГОДАХ (ПО МАТЕРИАЛАМ СЛЕДСТВЕННОГО ДЕЛА). W 1923 metropolita Michał, zestawiając listę potencjalnych zastępców na wypadek aresztowania, wymienił go na szóstej pozycji. Jeszcze w kwietniu tego samego roku biskup Nazariusz został aresztowany razem z biskupami Dymitrem (Wierbickim) i Bazylim (Bogdaszewskim) oraz z archimandrytą Hermogenem (Gołubiewem) i księżmi Anatolijem Żurakowskim i Wasylem Słowczewskim. Wszyscy zostali uwięzieni z powodu stanowczego zwalczania ruchu Żywej Cerkwi. Biskup został przewieziony z Kijowa do moskiewskiego więzienia na Butyrkach, jednak w sierpniu 1923 został z niego zwolniony. W 1925 otrzymał godność arcybiskupa.