Ekosynteza Holmgren dużo czasu poświęcił badaniom możliwości użycia roślin „inwazyjnych” oraz introdukowanych w celu pozyskiwania pożywienia i włókna, ale też (kontrowersyjnie) dla celów rekonstrukcji ekologicznej (przywracanie równowagi biocenotycznej w agroekosystemie, zob. np. regradacja, rekultywacja, renaturyzacja) i „ekosyntezy”. Zainteresowanie rekombinowanymi ekosystemami czy „zachwaszczaniem” pojawiło się częściowo w trakcie wizyty w Nowej Zelandii w 1979 i spotkania z nowozelandzkim ekologiem, Haikai Tane. Niekonwencjonalność Holmgrena w kwestii gatunków inwazyjnych i introdukowanych doprowadziła do krytyki permakultury w debacie trwającej w australijskim ruchu pro-środowiskowym po dziś dzień. Jego niedawne wypowiedzi o roli wierzby Salix alba × fragilis (wierzba biała × krucha) w procesie rekultywacji strumieni w Wiktorii (dzięki poprawie zatrzymywania osadów i fosforu) bywają uważane za „heretyckie” w stosunku do oficjalnych wytycznych.
Zdaniem Holmgrena:
Od czasu publikacji artykułu w Permaculture International Journal w 1997 pracował nad kolejną książką, wstępnie zatytułowaną Weeds or Wild Nature?