W zakresie dociekań filozofii nauki Szaniawski sytuuje zawartość twierdzeń i strukturę teorii naukowych. Rozważania na ten temat przysparzają wielu trudności, na przykład: kiedy uznać daną tezę za definicję zawartych w niej pojęć, kiedy zaś traktować jako asercję, której składniki czerpią swe znaczenie z innych źródeł. Właśnie w porządkowaniu teorii naukowych upatruje Szaniawski cel ich filozoficznie pojętej rekonstrukcji. Jej podstawowym narzędziem jest teoria modeli. Jednocześnie Szaniawski uwypukla ograniczenia tego programu, twierdząc, że sprawdził się jedynie w przypadku teorii najprostszych.
Według Szaniawskiego zadanie filozofii nauki nie polega na samym tylko opisie teorii naukowych. Powinna ona badać również procesy towarzyszące powstawaniu teorii naukowej. Gdy zaś uda się wyeksplikować pewien często powtarzany schemat postępowania naukowców, powstaje problem czy go zalecać, a jeśli tak, to na jakiej podstawie. Odpowiedź pozytywna na pierwszą część tego pytania naraża filozofię na zarzut manipulowania nauką.