W 1995 klub otrzymał status profesjonalny i nową nazwę Obołoń Kijów. W pierwszym sezonie 1995/96 zajął 4. miejsce. W następnym sezonie po rundzie jesiennej klub zmienił nazwę na Obołoń-PPO Kijów. Od 23 maja 2001 klub nazywał się Obołoń Kijów i zaczął wschodzenie po szczeblach do góry. Po zakończeniu sezonu 2000/01 klub awansował do Pierwszej Lihi (w której już występował w sezonie 1999/00), a potem po sezonie 2001/02 do Wyższej Lihi. Po sezonie 2004/05 klub został zdegradowany do Pierwszej Lihi. Latem 2009 roku powrócił do Premier-lihi, ale po trzech sezonach ponownie spadł do Pierwszej Lihi. W grudniu 2012 roku klub dotknęły problemy finansowe, a główny sponsor odmówił dalszego finansowaniaСлободян отказался финансировать „Оболонь” – UA-Футбол.. Klub został rozformowany.
1 lutego 2013 na bazie Obołoni powstał nowy klub Obołoń-Browar Kijów, do którego przeszło większość piłkarzy starego klubu.