w odcinku Dalek Rose pyta Doktora, czy to możliwe, by istnieli jeszcze jacyś Władcy Czasu, a on odpowiada z pełnym przekonaniem, że nie. Zapytany w Smith and Jones, czy miał brata, zaprzecza krótko: 'Nie, jestem zupełnie sam’. Kiedy w odcinku Gridlock padają ostatnie słowa Twarzy z Boe: 'You are not alone’, poznajemy zalążek tajemnicy, będącej motywem przewodnim całej 3 serii.
Największymi wrogami Doktora są Dalekowie, Cybermeni, Mistrz i Sontaranie. Doktor często spotyka się z dylematem moralnym, dotyczącym wyboru między tym, co musi się wydarzyć, a ocaleniem życia innych istot. Często zdarza się, że sam nagina zasady, o których wspomina i ratuje epizodycznych bohaterów, jednak zawsze w taki sposób, by nie naruszyć ciągłości historii. Doktor nie jest jednak wojownikiem, któremu zależy na zniszczeniu zagrożenia, często odwołuje się do moralności agresora powołując się przy tym na Kodeks, mając nadzieję, że załagodzi to konflikt. Są jednak sytuacje, w których Doktor nie ma skrupułów i po podjęciu jednej tylko próby odwiedzenia wroga od agresji, sam do niej przechodzi. Takie zachowanie można zobaczyć w odcinkach, w których pojawiają się Dalekowie i Cybermeni.