Po dokonanej wiosną 390 roku przez Teodozjusza Wielkiego masakrze mieszkańców Tessalonik Ambroży odmówił władcy prawa uczestnictwa we mszy; cesarz uzyskał przebaczenie dopiero w dniu Bożego Narodzenia, po uprzednim upokorzeniu się i odbyciu pokuty.
Był zaciekłym wrogiem wierzeń pogańskich. Doprowadził do wstrzymania dotacji państwowych na cele kultu pogańskiego. Przyczynił się do wydania przez Teodozjusza Wielkiego zakazu kultu pogańskiego w 392 roku. Zwalczał judaizm, a grożąc Teodozjuszowi ekskomuniką uzyskał amnestię dla chrześcijan, którzy z podburzenia swojego biskupa spalili w 388 roku synagogę w mieście Kallinikum nad Eufratem.
Ambroży zmarł 4 kwietnia 397 w Mediolanie i tam został pochowany.
Kult Jego relikwie spoczywają w bazylice św. Ambrożego w Mediolanie.
Zostały one sprowadzone także do Polski: w lipcu 2014 do kościoła parafialnego pw. Matki Boskiej Częstochowskiej w Żabiej Woli (koło Lublina) w kwietniu 2016 do kościoła parafialnego pw. Niepokalanego Poczęcia NMP w Kobiernicach (koło Bielska-Białej) w sierpniu 2016 do kościoła parafialnego pw. św Augustyna w Czapurach k.