Alpen Cup w skokach narciarskich 1999/2000 – 10. edycja Alpen Cupu, która rozpoczęła się 10 października 1999 w Rastbüchl, a zakończyła 17 marca 2000 w Autrans. Cykl składał się z 11 konkursów, spośród których najwięcej zostało rozegranych w Austrii.
Zwycięzcą klasyfikacji generalnej został Austriak Manuel Fettner. Na podium poszczególnych konkursów stawali reprezentanci czterech krajów: Austriacy (25 razy), Niemcy (6 razy), Francuzi (1 raz) oraz Słoweńcy (1 raz).
W sezonie tym wyodrębniono dwie osobne klasyfikacje, letnią (Alpen-Grand Prix) i zimową. Do klasyfikacji ogólnej zostały zaliczone punkty zdobyte w konkursach zimowych oraz połowa punktów zdobytych w konkursach letnich.
Kalendarz i wyniki Lp.DataMiejscowośćPunkt KUwagi1. miejsce2. miejsce3.