Kolejne wydziały uzyskiwały uprawnienia do nadawania stopni naukowych: doktora – Wydział Humanistyczny (1997) i doktora habilitowanego – Wydział Pedagogiki i Psychologii (1998) i Humanistyczny (1999). W maju 1999 grupa posłów złożyła w kancelarii Sejmu RP wniosek o przekształcenie WSP w Akademię. Został on pozytywnie zaopiniowany przez Radę Główną Szkolnictwa Wyższego oraz komisję sejmową.
Akademia Bydgoska (2000–2005)