Odizolowane wody wokół Wysp Świętego Piotra i Pawła nieopodal Grzbietu Śródatlantyckiego zamieszkuje najliczniejsza populacja rekinów w Oceanie Atlantyckim. Miejscami rekiny te tworzą duże skupiska, które nie są jednak wysoce zorganizowanymi, stałymi grupami (ang. schools).
Podczas interakcji międzygatunkowych żarłacz galapagoski dominuje nad żarłaczami czarnopłetwymi (C. limbatus) czy żarłaczami srebrnopłetwymi (C. albimarginatus) tej samej wielkości. W przypadku zagrożenia lub konfrontacji zmienia swoje zachowanie na bardziej agresywne, podobnie jak żarłacz rafowy (Carcharhinus amblyrhynchos). Staje się chaotyczny, zaczyna gwałtowniej pływać, mocno wygina grzbiet, podnosi głowę oraz wyciąga płetwy piersiowe ku dołowi. Takie działanie poprzedza najczęściej atak na przeciwnika lub ucieczkę.
Najlepiej poznanym pasożytem żarłacza galapagoskiego jest Dermophthirius carcharhini, gatunek płazińca przyczepiającego się do skóry rekina. Wśród pozostałych opisano między innymi tasiemce z rodzaju Dasyrhynchus i Tentacularia oraz widłonogi Nesippus crypturus, Pandarus cranchii i Pandarus smithii.