Rozgrywający może wchodzić w interakcję z chmurami tylko wtedy, gdy leci poziomo.
W grze zawarte są trzy rodzaje chmur: białe obłoki, które podążają za awatarem; szare, które po dotknięciu przekształcają się w białe; oraz ciemne, które mogą być połączone z białymi chmurami w celu wywołania deszczu, co powoduje rozproszenie obu ich rodzajów. Większa ilość białych chmur może łatwiej rozproszyć mniejszą ilość ciemnych obłoków niż w przypadku, gdy gracz połączy oba ich rodzaje w równych proporcjach, i odwrotnie. Białe obłoki przestają podążać za awatarem, jeżeli gracz porusza się zbyt szybko, natomiast jego ponowne zbliżenie do nich powoduje ponowną interakcję białych chmur z awatarem. Każda z czterech misji w Cloud ma różny cel, między innymi formowanie wzorów na niebie za pomocą chmur, usunięcie czarnych obłoków i zainicjowanie opadów deszczu nad każdą z wysp.