W roku 1988 wprowadzono trzy klasy (a, b i c).
W 1993 roku oddano do użytku nowy obiekt dydaktyczny. W tym samym roku Eugeniusz Wappa utworzył Klub Spraw Białoruskich.
W 1999 roku zmieniono nazwę szkoły na Zespół Szkół z Dodatkową Nauką Języka Białoruskiego (gimnazjum i liceum). Przedtem szkoła funkcjonowała pod nazwą Liceum Ogólnokształcące z Białoruskim Językiem Nauczania.
W 2007 roku szkoła zajęła 42. miejsce w kraju i 5 miejsce w województwie w rankingu najlepszych liceówLO z DNJB W Hajnówce w czołówce najlepszych liceów – Portal Powiatu Hajnowskiego.. Według przeprowadzonego w 2012 r. przez „Perspektywy” rankingu liceów ogólnokształcących dla województwa podlaskiego szkoła zajęła 12. pozycję w województwie.
Rola liceum Misją liceum jest odegranie ważnej roli w hajnowskim życiu społeczno-kulturalnym i w kształtowaniu białoruskiej tożsamości u młodzieży. Procent uczniów deklarujących białoruską narodowość jest zdecydowanie wyższy niż w LO z BJN w Bielsku Podlaskim. Według badań przeprowadzonych w 1995 roku 11% uczniów liceum deklaruje się zdecydowanie jako Polacy, podczas gdy w LO z BJN w Bielsku Podlaskim procent takich uczniów wyniósł 26%. Przewagę tożsamości polskiej nad białoruską w Bielsku Podlaskim zadeklarowało 33% uczniów, w Hajnówce natomiast 16%.