Był to skutek reorganizacji struktur Politechniki Krakowskiej, w wyniku której powstały Instytuty, a na Wydziale rozszerzono ofertę kierunkówHistoria Wydziału, wsie.pk.edu.pl [dostęp: 3.01.2024].
W latach 1994–2019 Wydział funkcjonował pod nazwą Wydziału Inżynierii Środowiska. To okres intensywnego rozwoju współpracy z zagranicą oraz w obszarze transferu technologii. Dotyczył on głównie wdrażania wymagań europejskiej polityki wodnej i ochrony środowiska do polskiej praktyki (w okresie akcesji do Unii Europejskiej) oraz objął on obszar oceny i obniżenia zagrożenia powodziowego w konsekwencji skutków tragicznej powodzi w 1997 roku.
Na Politechnice Krakowskiej wdrożono nową ustawę o szkolnictwie wyższym. Jednym z jej założeń było ściślejsze niż dotychczas zespolenie struktur wydziałów z dyscyplinami naukowymi zgodnymi z klasyfikacją międzynarodową. Wynikiem tego było przekształcenie Wydziału Inżynierii Środowiska w Wydział Inżynierii Środowiska i Energetyki, poprzez włączenie w strukturę wydziałową jednej z najlepszych jednostek naukowych uczelni – Instytutu Maszyn i Urządzeń Energetycznych (obecnie Katedra Energetyki). Wydział funkcjonuje pod nową nazwą od 1 października 2019 roku.