Eliasza w Wołdinie. Publikowała ona księgi liturgiczne, teksty na tematy duchowne, panegiryki i przekłady tekstów łacińskich. Hierarcha nawiązał kontakty z monasterami na Athosie, w Jerozolimie i na Synaju.
W 1708, gdy Iwan Mazepa przeszedł na stronę Szwedów, biskup został oskarżony o współpracę z nim przeciwko carowi. Przybył do Głuchowa i brał udział w wyborach nowego hetmana. Carskie śledztwo pozwoliło mu oczyścić się z zarzutów zdrady. Biskup Jan był obecny w czasie obrzędu obłożenia Mazepy ekskomuniką (przeprowadził go metropolita kijowski Joazaf) i podpisał stosowny akt. Hierarcha poparł reformy Piotra Wielkiego, zaś po bitwie pod Połtawą napisał dzieło pt. Synaksar. Jan zainicjował także kult swojego poprzednika na katedrze, biskupa Teodozjusza, sam napisał troparion i kondakion na jego cześć.
Metropolita tobolski i syberyjski W styczniu 1711 Jan udał się do Moskwy na wezwanie Piotra I. Na miejscu otrzymał od metropolity riazańskiego, locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego Stefana, nominację na metropolitę tobolskiego i syberyjskiego. Na katedrze tobolskiej zastąpił Filoteusza (Leszczyńskiego), który złożył śluby wielkiej schimy. Według niektórych badaczy Jan musiał wyjechać z Czernihowa z powodu sporu z Aleksandrem Mienszykowem.