Na cyplu Punta le Terrare, znajdującym się w porcie zewnętrznym miasta, odkryto osadnictwo z epoki brązu (XVI w. p.n.e.): grupę chałup chronioną przez kopiec kamieni, fragmenty ceramiki mykeńskiej. Herodot sam mówi o mykeńskim pochodzeniu tej populacji. Na nekropoli Tor Pisana (na południe od historycznej starówki Brindisi) znaleziono wazy z pierwszej połowy VII wieku p.n.e. Brindisi czasów messapijskich utrzymywało intensywne stosunki handlowe z populacjami greckimi po drugiej stronie Adriatyku i Morza Egejskiego (relacje te są obecnie udokumentowane licznymi znaleziskami archeologicznymi) w przeciwieństwie do pobliskiego Tarentu.
W 267 p.n.e. (według innych źródeł w 245 p.n.e.) Rzymianie podbili miasto i nazwali Brundisium. Po wojnach punickich z Kartaginą miasto stało się jednym z centrów rzymskiej floty wojennej i handlu. Via Appia, rzymska główna droga militarna, została przedłużona z Kapui do Brundisium i prowadziła bezpośrednio do lokalnego portu. Druga droga do Rzymu to Via Traiana. W czasie imperium rzymskiego miasto liczyło około 100 000 mieszkańców i było głównym miastem na kierunku do Grecji.