Taksonomia i filogenetyka Żarłacza srebrnopłetwego opisał po raz pierwszy niemiecki zoolog Eduard Rüppell w 1837 roku jako Carcharias albimarginatus w książce Fische des Rothen Meeres (Ryby Morza Czerwonego). Późniejsi autorzy przenieśli ten gatunek do rodzaju Carcharhinus. Epitet gatunkowy pochodzi od łacińskiego „albus” oznaczającego „biały” i „marginatus” znaczącego „obrzeżony, obramowany”. Okazem typowym (holotyp) wyłowionym w 1960 roku nieopodal przylądka Ras Muhammad w Morzu Czerwonym był młody samiec mierzący 103 cm długości. Na podstawie morfologicznych podobieństw budowy, kształtów zębów i kręgów, Jack Garrick w 1982 roku uznał, że jest to siostrzany takson kladu, który tworzą żarłacz rafowy (C. amblyrhynchos) i C. wheeleri (uznawane obecnie za jeden gatunek). Analizy filogenetyczne przeprowadzone w 1992 roku na podstawie danych allozymyowych, opublikowane niezależnie przez Gavina Naylora i Shane Lavery, potwierdziły słuszność tego założenia. W 1988 roku Leonard Compagno, opierając się na badaniach fenetycznych, umieścił C. albimarginatus w „grupie obscurus” razem z żarłaczem galapagoskim (C. galapagensis), żarłaczem białopłetwym (C. longimanus), żarłaczem brunatnym (C. plumbeus), żarłaczem ciemnoskórym (C.