Największą tragedią, jaka dotknęła okolicę, była jednak wielka akcja pacyfikacyjna z początków lutego 1944.
Przyczyny, dla których Niemcy zdecydowali się przeprowadzić w rejonie Borowa zakrojoną na tak szeroką skalę akcję eksterminacyjną nie zostały dotąd jednoznacznie określone. Mimo śledztwa – prowadzonego po wojnie przez władze PRL, a w czasach współczesnych przez Instytut Pamięci Narodowej – nie udało się odnaleźć żadnego niemieckiego dokumentu, w którym znajdowałby się rozkaz pacyfikacji Borowa i pozostałych wsi. Marek Jan Chodakiewicz zwracał uwagę, że na niespełna dwa tygodnie przed pacyfikacją w pobliskim majątku Sobótka odbyła się tajna konferencja, w trakcie której wydelegowani oficerowie AK i NSZ przeprowadzili rozmowy z przedstawicielami niemieckich władz okupacyjnych (ok. 20 stycznia 1944). Niemcy wysunęli wówczas propozycję zawarcia lokalnego zawieszenia broni i nawiązania współpracy celem zwalczania partyzantki komunistycznej. Propozycja ta spotkała się z odmową, w czym Chodakiewicz upatrywał prawdopodobnej przyczyny pacyfikacji. Jako możliwy powód masakry wskazywał także ociąganie się miejscowych chłopów z dostawą obowiązkowych kontyngentów oraz działania bojowe prowadzone przez patrol AK z Borowa.