Od 1 maja 2014 funkcjonowanie Bieszczadzkiego Oddziału Straży Granicznej reguluje Zarządzenie nr 48 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 15 kwietnia 2014 w sprawie nadania regulaminu organizacyjnego Komendzie Bieszczadzkiego Oddziału Straży Granicznej imienia gen. bryg. Jana Tomasza Gorzechowskiego w Przemyślu (Dz. Urz. 2014.65).
Komendą Oddziału kieruje Komendant Oddziału przy pomocy zastępców Komendanta Oddziału, głównego księgowego oraz kierowników komórek organizacyjnych komendy oddziału.
W skład komendy oddziału wchodzą komórki organizacyjne, o których mowa poniżej oraz Zespół Stanowisk Samodzielnych.
Zespół Stanowisk Samodzielnych, w skład którego wchodzą radca prawny i kapelan, jest bezpośrednio nadzorowany przez Komendanta Oddziału.
Komórki organizacyjne komendy oddziału Wydział Graniczny Centrum Współpracy Policyjnej i Celnej w Barwinku Wydział Operacyjno-Śledczy Wydział do spraw Cudzoziemców Wydział Koordynacji Działań Wydział Łączności i Informatyki Wydział Kadr i Szkolenia Pion Głównego Księgowego Wydział Techniki i Zaopatrzenia Wydział Zabezpieczenia