Sufit ozdobiono mozaiką, która przedstawia cztery biblijne sceny: (1) scena narodzin Jezusa, nad którym stoją trzy postacie aniołów; (2) trzej aniołowie trzymający kielich wina i chleb; (3) trzech aniołów nad ciałem Jezusa, który złożył z siebie ofiarę na krzyżu; (4) trzech aniołów stojących nad pustą trumną, będącą symbolem zmartwychwstania Jezusa. W centrum sklepienia znajduje się otwór, przez który wpada światło z położonej powyżej apsydy. Otwór ozdobiono złotem, co wyobraża Boga. Po bokach znajdują się dwie mniejsze apsydy - po prawej stronie jest poświęcona Duchowi Świętemu, a po lewej stronie poświęcona Jezusowi Chrystusowi, będącemu jedną z osób Trójcy Świętej.
W przedniej części bazyliki znajdują się dwie krypty, będące pozostałościami dawnych kaplic krzyżowców. Północna kaplica jest poświęcona Mojżeszowi, a południowa prorokowi Eliaszowi. Według katolickiej tradycji te trzy krypty wyobrażają trzy namioty wystawione przez Apostoła Piotra dla Jezusa, Mojżesza i Eliasza. W kaplicy Mojżesza znajduje się mozaika przedstawiająca Mojżesza trzymającego kamienne tablice z Dziesięcioma Przykazaniami. W centralnej części kaplicy umieszczono skromny kamienny ołtarz z krucyfiksem. W kaplicy Eliasza znajduje się mozaika przedstawiająca proroka Eliasza składającego ofiarę Bogu. Tutaj również umieszczono skromny ołtarz z krucyfiksem.