W książce Darwina pojawiła się też ważna dla teorii ewolucji hipoteza o pochodzeniu wszystkich istniejących współcześnie organizmów od jednego przodka.
Część tez zostało (po licznych dyskusjach) przyjęte jeszcze za życia Darwina. Teoria doboru naturalnego zyskała potwierdzenie dzięki badaniom ekologicznym i biogeograficznym. Kluczowych dowodów na potwierdzenie monofiletyczności życia na Ziemi dostarczyła dopiero biologia molekularna.
Do sformułowania współczesnej teorii ewolucji, opartej na przemyśleniach Darwina, ale adekwatnej do stanu wiedzy w wieku XX, wybitnie przyczynił się Theodosius Dobzhansky swoją syntezą ewolucjonizmu Darwina z genetyką mendlowską opublikowaną w książce pt. Genetics and the Origin of Species (1937) i wielu innych.
W zakresie filozofii i światopoglądu konsekwencją idei ewolucji jest zakwestionowanie teoretycznych podstaw poglądów teocentrycznych i antropocentrycznych. Filozoficzne wizje historii naturalnej rozeszły się z wizjami teologii naturalnej, a status gatunku ludzkiego zrównał się ze statusem innych gatunków.
Implikacje społeczne darwinizmu