Osobniki z populacji z wydm nadmorskich są spokojniejsze, samce często szukają kontaktu z innymi myszoskocznikami, a zachowania agresywne przybierają postać pogoni z okazjonalnymi przepychankami przypominającymi boks, zamiast gryzienia i kopania. Osobniki komunikują się akustycznie poprzez rytmiczne tupanie tylnymi nogami i ultradźwiękowe gwizdy, głównie w zakresie 57–70 kHz.
Rozmnażanie Myszoskoczniki malutkie mogą rozmnażać się przez cały rok, choć na wschodniej pustyni Namib rozmnażają się tylko w drugiej połowie lata. Ciąża trwa 21 dni. Samice rodzą młode w podziemnych norach, które rzadko opuszczają w pierwszych dniach ich życia. W miocie na wolności rodzi się od 2 do 5 młodych, w niewoli od 1 do 6. Młodym siekacze wyrastają 12 dnia życia, oczy otwierają się w 14–18 dniu. Młode ssą mleko matki do 21 dnia życia.
Populacja i zagrożenia Myszoskocznik malutki zamieszkuje duży obszar i jest bardzo pospolity. Liczebność populacji podlega dużym fluktuacjom wraz z warunkami środowiska, w szczególności z opadami.