W tym samym roku przyjechał do Petersburga na leczenie; wykorzystał swój pobyt w stolicy także dla szerzenia idei dokonania pełnego przekładu Biblii na język rosyjski, nie spotkał się jednak ze zrozumieniem, zaś metropolita petersburski Serafin groził mu nawet zesłaniem do monasteru Przemienienia Pańskiego i św. Eutymiusza w SuzdaluKlasztor ten był miejscem odosobnienia duchownych, na których nałożono kary kościelne za ciężkie przewinienia.. Mimo to Makary podjął prace nad tłumaczeniem Biblii. Przełożone przez siebie fragmenty wysyłał do Synodu, za co została na niego nałożona epitemia, którą odbył w siedzibie biskupa eparchialnego.
W 1842 archimandryta Makary, być może pragnąc całkowicie poświęcić się pracom nad tłumaczeniem Biblii, poprosił Synod o zwolnienie z obowiązków przełożonego misji na Ałtaju. Synod skierował go w 1844 do Optyńskiego Monasteru Trójcy Świętej k. Bołchowa w charakterze przełożonego. Duchowny kontynuował w klasztorze prace nad przekładem Biblii do śmierci w 1847.