Po wybuchu II wojny światowej, w czasie kampanii wrześniowe został mianowany przez dowódcę Samodzielnej Grupy Operacyjnej „Polesie” komisarzem cywilnym na powiat włodawski. Został aresztowany przez Niemców na przełomie października i listopada 1939 roku i przewieziony do więzienia przy ul. Montelupich w Krakowie, potem był więziony w Radomiu i Wiśniczu. Po zwolnieniu z więzienia w czerwcu 1940 wrócił do Warszawy.
Ponownie został aresztowany 10 listopada 1942 roku, osadzony na Pawiaku, następnie od 17 stycznia 1943 roku w obozie koncentracyjnym na Majdanku, prawdopodobnie od 9 kwietnia 1944 roku w obozie Auschwitz-Birkenau, od października w KL Gross-Rosen (filia Deutsch Lissa w Leśnicy) i od 10 lutego 1945 roku w KL Buchenwald (w tym od 22 marca w Komando Ohrdurf).
Po wojnie zamieszkał we Francji, pod koniec życia wrócił do Warszawy. Zmarł 16 listopada 1965 roku w Warszawie. Został pochowany na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 183-5-11,12).
Pułkownik Gnoiński ożenił się w 1940 roku z Aliną Budzińską.