Maria Magdalena (z początku XVI w.)
Renesans (XVI w.) stalle fundowane w 1519 roku przez biskupa Jana Konopackiego, przekształcone w początku XVII w., z fragmentami późnogotyckimi nagrobek biskupa Piotra Kostki (zm. 1595 roku) w prezbiterium, z arkadową wnęką mieszczącą postać zmarłego przedstawioną jako śpiąca osoba – prawdopodobnie dzieło warsztatu krakowskiego ambona z 1604, fundacji biskupa Wawrzyńca Gembickiego, przekształcona w 1676 roku
Barok (XVII-XVIII w.) ołtarz główny z ok. 1650 roku, zrealizowany przez warsztat miejscowy według projektu Giovanniego Battisty Gisleniego, fundacji biskupa Andrzeja Leszczyńskiego obraz Zdjęcie z Krzyża według Rubensa (na podstawie grafiki), ok. poł. XVII w. epitafium biskupa chełmińskiego Adama Kosa, zm. 1661 roku, z popiersiem zmarłego atrybuowanym G. Rossiemu obraz Pokłon Trzech Króli Luki Giordano z przełomu XVII i XVIII w. ołtarz Św. Krzyża, według projektu G. B. Cocchiego, ze zwieńczeniem w postaci korony, z poł. XVIII w. ołtarz z obrazem przedstawiającym bł. Jutę, przypisywanym T. Kuntze (poł.