Choć historycy są zgodni, że inkwizycja rzymska była instytucją odmienną od średniowiecznej inkwizycji papieskiej, nie sposób wyznaczyć precyzyjnej granicy czasowej między tymi dwiema formami inkwizycji. Proces przekształcania systemu zdecentralizowanych trybunałów średniowiecznych w scentralizowaną i zbiurokratyzowaną inkwizycję rzymską trwał wiele dziesięcioleci i na poziomie lokalnym nie wszędzie przebiegał równomiernie. Odmiennie niż w przypadku inkwizycji hiszpańskiej, która w sposób radykalny zrywała ze swą średniowieczną poprzedniczką (m.in. poprzez wymianę personelu i tworzenie od podstaw nowych trybunałów), inkwizycja rzymska formowała się w sposób ewolucyjny, a wszelkie daty graniczne mogą mieć jedynie charakter umownyBlack, s. 19, 29; Del Col, s. 299-301; por. Tavuzzi, s. 209-211; Peters, s. 3; Bethencourt, s. 35-49, 83-86..
Pisanie historii rzymskiej inkwizycji jest dla historyków niezwykle trudne z uwagi na skromny zasób dokumentacji, jaki przetrwał do czasów współczesnych. Kiedy na przełomie XVIII i XIX wieku oświeceniowe, a potem rewolucyjne rządy likwidowały trybunały inkwizycyjne, bardzo często niszczyły też ich archiwa. Centralne Archiwum Kongregacji Nauki Wiary (ACDF) dopiero od 1998 roku jest udostępnione do badań naukowychTavuzzi, s. 33;