Kiedy na Półwyspie Iberyjskim poważnym problemem stały się podejrzenia wobec chrześcijan żydowskiego pochodzenia (tzw. marranów) o potajemne wyznawanie judaizmu, trybunały papieskiej inkwizycji okazały się całkowicie niezdolne do sprostania zadaniu weryfikacji tych zarzutów. Tamtejsi władcy, za zgodą Stolicy Apostolskiej, utworzyli wówczas nowe, państwowo-kościelne trybunały inkwizycyjne (inkwizycja hiszpańska w 1480 roku, inkwizycja portugalska w 1536 roku), które, choć działały pod tą samą nazwą, organizacyjnie nie miały praktycznie nic wspólnego z papieską inkwizycją. Królom Hiszpanii na początku XVI wieku podlegały Sycylia, Sardynia i królestwo Neapolu, a po roku 1535 pod ich władzę przeszło także księstwo Mediolanu. W 1487 roku trybunał hiszpańskiej inkwizycji został utworzony na Sycylii, gdzie w pierwszej połowie XVI wieku prowadził bardzo intensywną działalność przeciwko marranom. Od 1492 roku istniał także trybunał hiszpańskiej inkwizycji na SardyniiBlack, s. 9-11;