W 1986 Ministerstwo Zdrowia ową klinikę wyznaczyło do nadzoru nad zakażonymi wirusem HIV, a w 1991 roku została przekształcona w Klinikę Nabytych Niedoborów Immunologicznych, która zajmuje się wyłącznie leczeniem chorych na AIDS i obserwacją zakażonych wirusem HIV. Lidia Babiuch kierowała kliniką do 1995. Od roku 1976 była również zastępczynią dyrektora, a od 1978 do 1986 Dyrektorem Instytutu Chorób Zakaźnych i Pasożytniczych.
W 1972 uzyskała stopień naukowy doktora nauk medycznych, a w 1977 habilitowała się. W 1990 roku nadano jej tytuł profesora nauk medycznych.
Profesor n. med. Lidia Babiuch odbyła staże naukowe i szkolenia w Związku Radzieckim, Holandii, Belgii, Austrii (w WHO, 1976), Niemczech Zachodnich (w Klinikach Chorób Zakaźnych, 1976), Szwecji (1991), Wielkiej Brytanii (1992) i Stanach Zjednoczonych (1995).
Była członkinią Związku Bojowników o Wolność i Demokrację.
Życie prywatne Była żoną Edwarda Babiucha (1927–2021), polityka, posła na Sejm PRL, zastępcy przewodniczącego Rady Państwa, premiera w 1980Marek Zieleniewski, Przez lekko uchyloną bramę: Gierek, Jaroszewicz, Babiuch, Cyrankiewicz, Szlachcic i inni, „Omnibus”. Kościan, 1989, , s. 91,92..