W kolejnych latach Skarżyńki uczestniczył w przygotowaniach do wybuchu powstania, które miało się rozpocząć w roku 1846. Spotykał się z emisariuszami patriotycznych środowisk emigracyjnych, m.in. z Tomaszem Malinowskim i Napoleonem Kamieńskim. Na prośbę Anicetego Reniera sprowadzał i rozpowszechniał wydawnictwa emigracyjne (z pomocą ks. Krzysztofa Szwernickiego, vel Szwermickiego). Zajmował się też werbowaniem uczestników planowanego powstania. Na działalność obu braci zwróciły uwagę policji zeznania aresztowanych wówczas spiskowców (m.in. Ludwika Mierosławskiego); 12 listopada 1846 roku Iwan Paskiewicz podpisał nakaz ich aresztowania. Zostali uwięzieni początkowo w Wilnie, a następnie (od kwietnia 1847) w Cytadeli Warszawskiej. Ich ojciec został oddany pod tajny nadzór policyjny i obciążony kosztami śledztwa, które trwało do sierpnia 1850 roku i skończyło się wyrokiem bezterminowej katorgi „za udział w przygotowaniach umysłów do buntu”. Wyrok został konfirmowany w styczniu 1852 roku, a w lutym tego roku Paszkiewicz zmniejszył tę karę do trzech lat robót na Syberii.