Ogółe barwy swojej macierzystej ekipy reprezentował przez dwanaście lat, rozgrywając 241 meczów w lidze, co jest czwartym wynikiem w historii klubu.
Latem 2001, po pół roku bezrobocia, Muñoz podpisał umowę z drugoligowym Querétaro FC, gdzie spędził kolejne sześć miesięcy, po czym odszedł do innego klubu występującego w tej samej klasie rozgrywkowej, Tampico Madero FC. Tam także występował przez pół roku, a następnie zasilił także drugoligowy CD Irapuato, z którym już w pierwszym sezonie, Invierno 2002, triumfował w rozgrywkach Primera División A, co na koniec rozgrywek 2002/2003 zaowocowało awansem klubu do pierwszej ligi. Tam był jednym z najbardziej doświadczonych graczy w zespole, lecz pełnił wyłącznie rolę głębokiego rezerwowego, a po sezonie 2003/2004 spadł z Irapuato z powrotem na zaplecze najwyższej klasy rozgrywkowej. Profesjonalną karierę piłkarską zdecydował się zakończyć w wieku 38 lat.