Teresy na Tamce w Warszawie.
Przyjechał do Wołomina latem 1962 r., gdzie zastał świątynię w stanie surowym, niedawno odbudowaną po zniszczeniach wojennych. 18 czerwca 1962 r. przejął obowiązki po księdzu Grabowskim, pozostając wikariuszem, a później przez kilka lat administratorem parafii. W latach 1962–1969 Jan Sikora przeprowadził remont kaplicy oraz plebanii. Ogrodził kościelny plac i cmentarz. Był pomysłodawcą fresków przedstawiających „1000 lat historii Polski i Kościoła w naszej Ojczyźnie”. Za namową księdza Jana Sikory w 1962 r. w parafii podjęły pracę siostry michalitki ze Zgromadzenia św. Michała Archanioła.
Do 1970 r. Urząd do Spraw Wyznań nie wyrażał zgody na mianowanie Jana Sikory proboszczem w Wołominie, ze względu na „brak kwalifikacji obywatelskich”. W rzeczywistości na decyzji władz zaważyła wojenna przeszłość księdza, żołnierza Armii Krajowej oraz intensywna akcja katechizacji dzieci i młodzieży, jaką rozpoczął zaraz po przyjeździe do Wołomina.
Od 1970 r. współorganizował w Warszawie msze dla kombatantów i pielgrzymki na Jasną Górę. Był Kanonikiem Kapituły Katedralnej diecezji warszawsko-praskiej.