Był także odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski, Srebrnym Krzyżem Zasługi z Mieczami, Medalem „Za udział w wojnie obronnej 1939”. Posiada tytuł Kapelana Honorowego Ojca Świętego. Otrzymał medal „Zasłużony dla Miasta Wołomina”, nagrodę Wołominiaka Roku 2000 oraz statuetką Anioła Stróża Ziemi Wołomińskiej. Honorowy obywatel Miasta Wołomin (2005) 11 stycznia 2009 r. został wyróżniony medalem Milito pro Christo (Walczę dla Chrystusa) ordynariatu polowego Wojska Polskiego.
Kontrowersje Prałat w jednym ze swoich kazań spostponował laureatów Nagrody Nobla, rozważając ich rzekome lub udowodnione żydowskie pochodzenie, jako wyznacznik otrzymania Nagrody. Jedną z osób potraktowanych w ten sposób była Wisława Szymborska nazwana „Żydóweczką”. O zdarzeniu pisał Macin Kornak: 31 października (1999) podczas mszy świętej, poświęconej rocznicy zdobycia władzy przez AWS, ks. Jan Sikora wygłosił antysemickie kazanie. Podczas niego mówi m.in. „o Żydach, którzy niszczą i niszczyli Polskę oraz strzelali naszym żołnierzom w plecy, Żydach Szymborskiej i Miłoszu”. Podczas przemowy salę opuściły tylko cztery osoby, reszta przyjęła treść kazania oklaskami. Tego dnia w kościele byli m.in.