Jesienią 1943 znów nawiązał kontakt z dowództwem NSZ. Po zamordowaniu w Łysowodach 17 osób podejrzanych o poglądy lewicowe dowodzony przez Jurę oddział zbuntował się. Po ekshumacji mającej miejsce 26 kwietnia 1944 okazało się, że zamordowano 22 osoby. Według raportu dowództwa okręgu Radom Armii Ludowej dowodzony przez Huberta Jurę oddział w powiecie opatowskim zamordował 52 osobyRaport nr 37 Dowództwa Okręgu Radom Armii Ludowej z 17.V.1944, AZHP, 192/XXIII-2, K.19.. W wyniku rozłamu wewnątrz Narodowych Sił Zbrojnych, w kwietniu 1944 część jego dotychczasowych podkomendnych odmówiła dalszego wykonywania jego rozkazów i połączywszy się z Armią Krajową (NSZ-AK), doniosła nowym dowódcom o kolaboracji „Toma” z Niemcami. Komenda organizacji, dowodzona przez Władysława Pacholczyka, wydała na niego wyrok śmierci za współpracę z okupantem. Zorganizowano dwa zamachy na jego życie, jednak oba były nieudane. Postrzelony „Tom” trafił na leczenie do niemieckiego szpitala wojskowego w Radomiu, a jego bezpieczeństwa strzegli funkcjonariusze Gestapo.